SİTOGENETİK

Merkez Sitogenetik Laboratuvarı, genetik uzmanlarımız ve laboratuvar personellerimiz tarafından iş birliği yapılarak sonuçların doğru, güvenilir ve hızlı bir şekilde alınmasını sağlamaktadır.

Sitogenetik, kromozomlardaki sayısal ve yapısal anomalileri inceler.Kromozomlar bir canlının genetik materyalini taşır. İnsan hücrelerinde 23 çift kromozom vardır. Bu kromozomlar hücre döngüsünün ve işleyişinin düzenli çalışması için kalıtsal bilgileri barındırır.

Bu kromozomlarda oluşabilecek anomaliler sonucunda genetik hastalıklar oluşabilmektedir. Kromozom anomalileri konjenital malformasyonlar, infertilite ve tekrarlayan gebelik kayıpları gibi hastalıkların büyük kısmını oluşturmaktadır.

Onkolojik ya da hematolojik maligniteleri olan hastalar için tanı, prognoz ve doğru tedavi seçimi için sitogenetik test önerilmektedir.

Donegen Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi Sitogenetik Laboratuvarı olarak hizmetlerimiz:

• Amniyon Sıvısından Kromozom Analizi
• Cilt Biyopsisi Kromozom Analizi
• DEB Testi
• Düşük Materyali Kromozom Analizi (Abort Materyali)
• Fetal Kandan Kromozom Analizi
• Kemik İliğinden Kromozom Analizi
• Karyonik Villus Örneği (CVS) Kromozom Analizi
• Periferik Kandan Kromozom Analizi
• Florsan In Situ Hibridizasyon (FISH) Tekniği
• Mikroarray ile Konjenital bozukların bulunması

MOLEKÜLER SİTOGENETİK

Merkez Moleküler Sitogenetik Laboratuvarı, genetik uzmanlarımız ve laboratuvar personellerimiz tarafından iş birliği yapılarak çekirdeğin yapısal ve fonksiyonel organizasyonunu, genom varyasyonunu, ekspresyon (ifade) ve kromozomal anomalilerinin tespitini doğru, güvenilir ve hızlı bir şekilde sağlamaktadır.

Lösemi, lenfoma ve solid tümörlerde moleküler sitogenetik laboratuvarında kullanılan FISH tekniği ile tanı konulması sağlanılır.

13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının anöploidileri için FISH tekniği kullanılan en hızlı ve yaygın tekniklerden biridir. Bu teknik sayesinde anomali varlığı hızlı bir şekilde saptanmaktadır.

Solid Tümör FISH: ALK, ROS, HER2, PDL1, cMET

Onkolojik FISH: ALL, AML, MDS, Multiple Miyeloma, KML, Non-Hongkin Lenfoma, KLL

Hangi Hastalar Bundan Yararlanabilir?

• Gelişimsel gecikme/zihinsel bozulma

• Otizm spekturm bozuklukları
• Dismorfik yüz özelliklleri dahil olmak üzere çoklu konjenital anomaliler

Merkez Moleküler Genetik Laboratuvarı, genetik uzmanlarımız, biyoinformatik uzmanlarımız ve laboratuvar personellerimiz tarafından iş birliği yapılarak mutasyon tespit oranlarının doğru, güvenilir ve hızlı bir şekilde alınmasını sağlamaktadır.

Moleküler Genetik; kalıtsal seviyede (DNA ve RNA) prenatal ve postnatal genlerin yapı ve fonksiyonlarını inceleyen ve genetik ve biyolojik çalışma alanıdır. Moleküler Genetik testler genetik bir kusura yol açan varyasyonları veya mutasyonları tanımlamak için tek genleri ve DNA uzunluklarını inceler. Ailesel kanser riski ve taşıyıclık testleri toplumun genetik ve kişisel sağlık farkındalığının artması ile moleküler genetik testlere talep artımıştır.

Donegen Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi Moleküler Genetik Laboratuvarı olarak hizmetlerimiz:

• PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu)
• Real Time PCR (RT-PCR)
• Dizi Analizi
• NGS (Yeni Nesil Dizileme)
• Mikroarray

PRENATAL TEST NEDİR?

Hamile bir kadının, doğumdan önce fetüsün genetik durumunu kontrol etmek için yaptırabileceği bir testtir.

NE TÜR PRENATAL TESTLER VARDIR?

Hamileliğin İlk üç aylık döneminde ultrason ve biyokimyasal kan testi içeren bir tarama testleri uygulanmaktadır. Annenin yaşı gibi başka parametreler ile birlikte fetüste spesifik genetik durumların meydana gelme riski tarama testleri ile tahmin edilmesine rağmen, yapılan bu tarama testlerinin doğruluğu düşüktür (% 70-80).

Gerçekleştirilen prenatal tarama testlerinde, fetüsün genetik durumu normalden daha yüksek oranda riski ifade ederse, amniyosentez veya koryon villus örneklemesi gibi bir invaziv test yapılması tavsiye edilmektedir. Bu invaziv testler son derece hassastır (>% 99) ancak uygulanan yöntem gereği yaklaşık 200’de 1 düşüğe neden olma riski taşımaktadır.

NON-İNVAZİV PRENATAL TEST (NIPT) NEDiR?

Non Invasiv Prenatal Test (NIPT) veya Fetal DNA Testi anne adayının doğumdan önce fetüsün genetik koşullarının kontrolü için yaptırabileceği girişimsel olmayan (non invaziv) genetik tarama testidir.

GENETiK BOZUKLUKLAR NELERDİR?

Genetik bozukluklar, gebe kalma sırasında genomda meydana gelen istenmeyen değişikliklerden kaynaklanır. Fetal DNA Testi ile üç tip genetik bozukluk tespit edilir:
• Anöploidiler; bir kromozomun ekstra bir kopyasına (trizomi) sahip olduğu veya bir kopyasının (monozomi) olmadığı durumlarda meydana gelen genetik bozukluklardır.
• Mikrodelesyonlar; bir kromozomun belirli bir bölgesinde küçük bir eksilme sonucu oluşan genetik bozukluklardır.
• Tek gen hastalıkları; bir gendeki mutasyonların neden olduğu genetik bozukluklardır.

NIPT TESTİ İLE HANGİ HASTALIKLAR TESPİT EDİLEBİLİR?

NIPT Testi ile pek çok kromozom anomalisinin tanısı konabilmektedir. Non Invaziv Prenatal Testlerinin tamamı Trizomi 21, Trizomi 18 ve Trizomi 13 anöploidleri hakkında tarama sonucu vermektedir. Diğer anöplodiler ve mikrodelesyonlar ise talebe bağlı olarak incelenmektedir.

OTOZOMAL ANÖPLOİDLER

Down sendromu (Trizomi 21)
Edwards sendromu (Trizomi 18)
Patau sendromu (Trizomi 13)

CİNSİYET KROMOZOM ANÖPLOİDLERİ (isteğe bağlı)

Turner sendromu (Monozomi X)Triple X sendromu (Trizomi X)
Klinefelter sendromu (XXY)
Jacobs sendromu (XYY)

XXYY sendromu

MIKRODELESYONLAR (isteğe bağlı)
DiGeorge sendromu (22q11.2)

1 p36 delesyon sendromu
Smith-Magenis sendromu (17p11.2)
Wolf-Hirschhorn sendromu (4p16.3)

PRENATAL VE NON İNVAZİV PRENATAL TEST (NIPT) KARŞILAŞTIRMASI

İSTANBUL’DA İKAMET ETMİYORUM, TEST YAPTIRABİLİR MİYİM? 

Elbette.. NIPT test kitimizi adresinize veya anlaşmalı laboratuvarımıza gönderiyoruz, örnek alımı sonrasında laboratuvarımıza ücretsiz kargo ile iletilen kan örneğiniz çalışılıyor ve sonuçlarınız 10-12 işgünü sonrasında size ve doktorunuza iletiyoruz.

NIPT TESTLERİ İÇİN GENETİK HASTALIKLAR DEĞERLENDİRME MERKEZİ GEREKLİ MİDİR ?

NIPT testleri genetik testler oldukları için yasal olarak T.C. Sağlık Bakanlığı tarafından ruhsatlandırılan Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezleri tarafından gerçekleştirilmeleri gerekir. Bu merkezlerde yapılan testlerin tamamı kayıt altındadır genetik uzmanı hekim tarafından değerlendirilirler. Test sonuçlarına göre ihtiyaca göre genetik danışma sunulması ancak Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezleri tarafından gerçekleştirilirler.
Lütfen NIPT testinize karar vermeden önce size testi sunan firmanın Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi olup olmadığını öğreniniz.

Bazı hastalar için gözlemlenen belirtiler, klinisyenin olası bir tanıyı kolaylıkla yapmasına olanak vermeyebilir. Bu gibi durumlarda hangi genetik testin yapılacağı konusunda fikir vermek zor olabilir. İlgili belirtilerle ilişkili genetik testin tek tek yapılması hem tanı maliyetini hem de tanı süresini arttırabilmektedir. Tanı süresinin artması hasta için önemli olan tedavinin gecikmesine sebep olabilir.

Bu gibi durumlarda genlerin tek tek analiz edilmesi yerine toplu şekilde analiz edilmesi bu gibi durumları büyük oranda ortadan kaldırmaktadır. Tüm Ekzom Dizileme yöntemi (whole exome sequencing) genom üzerinde kapsamlı analiz sağlayan ve en sık kullanılan testlerden biridir. Test dahilinde, genom üzerinde ekzon adı verilen bölgeler analiz edilir. Bilinen kalıtsal hastalıklara neden olan mutasyonların çoğu (yaklaşık %85’i), ekzon denilen bu genomik bölgeler içinde yer almaktadır.

Klinik değerlendirme için OMIM, ClinVar, Cosmic veri tabanlarında belirtilen tüm hastalık yapıcı varyantlar değerlendirilir. Protein fonksiyonunu etkileyen varyantlar öncelikli olarak incelenir ve fenotiple ilişkisi göz önünde bulundurularak rapor edilir.

AVANTAJLARI

• Daha düşük maliyet
• Yüksek kapsayıcılık ve Coverage
• Tek nükleotid polimorfizm (SNP) varyantlarının tüm genom dizilmesi kadar duyarlı olması
• Tüm genom dizilemesine kıyasla daha hızlı ve daha kolay analiz edilebilir veri sağlaması

Kapsamlı Taşıyıcılık Durumu Analizi

Bireyler, kimi hastalıklar için belirti ve semptom göstermeseler de, ilgili hastalığın taşıyıcısı olabilirler. Bireyin eşi de aynı hastalığın taşıyıcısı olduğu durumlarda doğacak çocuklarda ilgili hastalıklar ortaya çıkabilir. Bu gibi durumlarda, ekzom dizileme testi bireyin taşıyıcısı olduğu genetik hastalıkların önceden kapsamlı şekilde tespit edilmesine olanak verir.

Taşıyıcılık durumu birkez tespit edildiği durumda, bireyin eşinin de aynı hastalık için taşıyıcılık durumu kontrol edilir. Bu şekilde doğacak çocukların, sahip olacağı genetik hastalıklar ve bu hastalıkların ortaya çıkma riski hesaplanabilir.

KLİNİK EKZOM DİZİLEME

Bazı hastalar için gözlemlenen belirtiler, klinisyenin olası bir tanıyı kolaylıkla yapmasına olanak vermeyebilir. Bu gibi durumlarda, hangi genetik testin öncelikli olarak yapılacağına dair kararın belirlenmesi zorlaşır. İlgili belirtilere ilişkili her bir genetik testin tek tek yapılması tanı maliyetleri önemli ölçüde artırırken; tanı süresini de uzatır. Gecikmiş bir tanı, hasta için önemli olan tedavi sürecini geciktirebilir.

Bu gibi durumlarda, genlerin tek tek analiz edilmesi yerine toplu şekilde analiz edilmesi, bu sorunları büyük oranda ortadan kaldırmaktadır. Klinik Ekzom Dizileme yöntemi (clinical exome sequencing) genom üzerinde kapsamlı analiz sağlayan ve sık kullanılan testlerden biridir. Test dahilinde, genom üzerinde ekzon adı verilen bölgeler analiz edilir. Bilinen kalıtsal hastalıklara neden olan mutasyonların çoğu (yaklaşık %85’i), ekzon denilen bu genomik bölgeler içinde yer almaktadır.

Klinik Ezom Testi ile Tüm Ekzom Dizilimi Arasındaki Fark Nedir?

Tüm ekzom dizileme testi içinde, bireyin genomu içindeki tüm genler taranırken, klinik ekzom testinde sadece hastalıklarla ilişkilendirilmiş genler taranır. Örnek vermek gerekirse, tüm ekzom dizileme testinde 22.000+ gen taranırken, klinik ekzom testinde 6700+ analiz edilmektedir. Bu bağlamda klinik ekzom testi daha odaklanmış bir testtir. Hedef bölgenin daha küçük olması, analiz sürecini ve maliyetini kısaltmaktadır.

Genlerin tek tek taranması yerine toplu şekilde tamamının taranması öncelikli olarak tanı süresini ve maliyetini büyük oranda azaltır. Bu yöntem, özellikle tanısı konulamamış kalıtsal hastalıkların genetik sebeplerinin belirlenmesinde önerilir.

Test kapsamında, sadece hedeflenen bölgeler değil ayrıca, diğer tüm bölgeler de analiz edildiğinden, henüz belirti göstermeyen ancak ileriki dönemlerde etkisini gösterebilecek kalıtsal hastalıklar da önceden belirlenebilir.

KANSER GENETİĞİ

Donegen Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezinde, biyoinformatik uzmanlarımız, genetik uzmanlarımız ve laboratuvar personellerimiz tarafından iş birliği yapılarak sonuçların doğru, güvenilir ve hızlı bir şekilde alınmasını sağlamaktadır.

Hücrenin kanserli hale gelmesi nedeni, mutasyona uğramış bir proteinin kontrolsüz hücre çoğalmasına sebep olması ile olabilmektedir. Genetik mutasyonlar somatik mutasyonlar ve germline mutasyonları olarak iki türe ayrılmaktadır.

Genetik değişimlerle oluştukları halde her kanser kalıtsal değildir. Somatik hücrelerde oluşan kanser sadece bireyi etkileyip geleceğe kuşağa aktarılmazken germline hücrelerinde oluşan mutasyonlar gelecek kuşakta kansere sebep olabilmektedir.

Donegen Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezinde bulunan Illumina NextSeq500, MiSeq, IScan ve Roche LightCycler 480 II cihazlarından elde ettiği veriler güncel standartlar doğrultusunda Biyoinformatik uzmanlarımız tarafından çalışmalara özel in-house pipelinelarımız ile anlamlı verilere dönüştürülmekte ve raporlanmaktadır.

Biyoinformatik Hizmetlerimiz

• Referans genomlara haritalama ve varyantların değerlendirilmesi (SNP/indel)
• Gen ekspresyon analizi
• Yeni ve referans transkriptlerin diferansiyel ekspresyon analizi
• miRNA’ların referans veritabanına hizalanması